微波爐已經成為日常生活的必需品，但有不少人擔心微波爐加熱食物帶來一定的危害。目前一些權威的公報上還沒有證實它的有害影響。相反有一些科學綜述介紹說，微波不會對人致癌，也不會讓食物產生致癌性，甚至還有助於避免食物致癌物的產生。對於魚肉等食物來說，傳統加熱，尤其是燒烤方式容易產生一些致癌物質。傳統烹煮與微波加熱,二者沒有可比性!只要按規範操作,正常的微波加熱食物不會產生直接燒烤時那樣的食物變性致癌的危害。不過有三類蔬菜不適合放進微波爐加熱。

蘆筍
新鮮蘆筍富含包括維生素C在內的多種抗氧化營養素。微波爐加熱會導致蘆筍中維生素流失。因為維生素C和B族維生素屬於水溶性維生素，穩定性更差，遇水、遇熱、遇光容易遭到破壞。

西蘭花
西蘭花是最常見的微波食物。然而，美國《食品和農業的科學雜誌》刊登一項研究發現，用微波爐烹飪西蘭花會導致其中抗氧化成分減少97%。而用燃氣灶烹飪西蘭花只會導致其中抗氧化物減少11%。

大蒜
美國《營養學雜誌》刊登一項研究發現，微波爐加熱1分鐘就會摧毀大蒜中的活性硫烯丙基化合物，使之失去應有的抗癌作用。
大部分的蔬菜尤其是綠葉菜如果用微波爐加熱，都有可能存在營養素流失過多的問題，因為蔬菜中維生素C等營養素對光熱較為敏感。而肉類、蛋類、主食類用微波加熱，營養損失較小。